V současné době má Botanická zahrada k dispozici pět skleníků, rozdělených podle teplotních nároků rostlin a podle typu pracovního zaměření:
- Tropický skleník
- Subtropický skleník
- Stolový skleník
- Citrusový skleník
- Sortimentový skleník
Botanická zahrada dále obhospodařuje i dva polykarbonátové kryty a venkovní plochu s více či méně známými druhy léčivých rostlin a jednoletými subtropickými užitkovými plodinami.
Tropický skleník
- rozloha 250 m2
- teplota v zimním období 16-20°C v noci
V tomto skleníku je soustředěna kolekce tropických užitkových rostlin, jejichž rostlinný genofond se používá pro výuku studentů, výměnu rostlinného materiálu s ostatními botanickými zahradami i jako matečnice těch druhů užitkových rostlin, které se používají pro vědeckou práci a diplomové práce. V tropickém skleníku se nachází cca 110 druhů užitkových rostlin, které jsou pěstovány ve volné půdě. Návštěvníci mohou spatřit rostliny určené k přímé konzumaci, skupiny pochutin, koření, léčivých rostlin, textilní plodiny, obiloviny, okopaniny,… Mezi zástupce jednotlivých skupin patří například banánovníky, mangovníky, ananasy, mučenky, papája, vanilka, kakaovník, kávovník, skořicovník, pepřovníky a mnoho dalších. Tento skleník je přístupný veřejnosti.
V létě 2013 proběhla rekonstrukce zasklení toho skleníku, a to díky podpoře vedení ČZU.
Subtropický skleník
- rozloha 170m2
- teplota v zimním období 5-10°C
Má podobné zaměření jako tropický skleník, ale s jinou druhovou skladbou. Je zde ve volné půdě vysazena kolekce 50 druhů užitkových rostlin vyžadujících nižší teplotu v zimním období. Mezi hlavní druhy nacházející se v tomto skleníku patří citrusy a méně známé ovocné druhy rostlin, které pravidelně kvetou a plodí (granátové jablko, mišpule, babako, aj.). Sbírku doplňuje také čajovník, pistácie, olivovník, vavřín vznešený a mnohé další druhy subtropických rostlin. Tento skleník je také přístupný veřejnosti.
Stolový skleník
- rozloha 190 m2
- teplota v zimním období 16-20°C v noci
Tento skleník se využívá se hlavně na přípravu rostlinného materiálu pro diplomové a výzkumné práce a jako zásobní skleník pro rostliny určené k dosadbám. Pěstují se zde v nádobách choulostivé užitkové rostliny, které nemohou růst ve volné půdě v tropickém skleníku.
Citrusový skleník a množárna
- rozloha 95 m2
- teplota v zimním období 5-10 °C
Skleník slouží jako sortimentový. Jsou zde uloženy sbírky citrusových rostlin v nádobách. V roce 2016 proběhla díky podpoře vedení ČZU celková rekonstrukce tohoto skleníku. Během rekonstrukce byla vybudována i množárna rostlin, která vytváří a udržuje specifické podmínky pro jednotlivé fáze růstu rostlin (klíčení a vzcházení rostlin) a zároveň se využívá i experimentálně.
Sortimentový skleník
- rozloha 170 m2
- teplota v zimním období 10-15°C
Z části slouží k pěstování sortimentů rostlin v nádobách, důležitých k výuce praxe studentů FTZ. Studenti se na těchto rostlinách učí roubovat, řízkovat, vysévat, přepichovat a přesazovat užitkové a okrasné rostliny. Tyto zkušenosti mohou využít jak v praxi, tak při vědecko-výzkumné práci (bakalářské, diplomové či dizertační práce).
Polykarbonátové kryty
- dva kryty, každý o výměře 170 m2
Slouží k pěstování sortimentů jednoletých užitkových rostlin (např. technické rostliny, teplomilné luskoviny, obiloviny, koření, zeleniny, aj.). Pěstují se zde například rody Nicotiana, Physalis a obsáhlé čeledi Cucurbitaceae, Poaceae, Fabaceae či Solanaceae. Další plochy se využívají pro diplomové a vědecké práce.
Léčivé rostliny
Známé a méně známé druhy léčivých rostlin jsou vysazeny ve venkovních prostorách v rastru betonových „U“ profilů a slouží k výuce studentů univerzity (např. pro předmět „Léčivé a aromatické rostliny“).