Our research group is focused on a different aspects of animal biology using genetic tools. We study population genetics usually of mammalian species (insectivores, carnivores, ungulates, etc.) and we are highly interested in interspecies interactions including wildlife and their domestic forms (hedgehogs, spiral horned antelopes, wolves-dogs, etc.). We participate in several conservation projects and we try to apply our results into conservation practice (elands). We also study evolutionary processes that formed domestic animals and we search for candidate genes of specific diseases (dogs).
People
- Mgr. Barbora Černá Bolfíková, Ph.D (group leader)
- Ing. Alžběta Báčová
- Ing. Iva Bernáthová
- Ing. Petr Matějů
- Ing. Silvie Neradilová
- Ema Cetkovská
- Divyadharshini Shanthakrishnan
- Melese Merewa Reta
- Anita Klímová
- Miroslav Mulko
- Zuzana Bartošová
- Juliana Wlaterová
Alumni: Ing. et Ing. Anna Kubátová, Ph. D.; Ing. Milena Jindřichová
Projects
-
Metodologie identifikace a dalších forenzních analýz biologického materiálu a patogenů z volně žijících a exotických živočichů (Ministerstvo vnitra VK01010103)
-
Analýza genetických vzorků vlků v Krkonošském národním parku
- TAČR Prostředí pro život: Genetický monitoring vlka
Publications
- Gankhuyag G, Ceacero F, Yansanjav A., Hejcmanová P, Davaa L, Namkhaidorj S, Černá Bolfíková B (2021). Long-term trends in livestock and wildlife interactions: do livestock numbers predict recent trends of wolves, foxes, and rodents’ populations in Mongolian rangelands? Journal for Nature Conservation, 60, 125969.
- Juránková J, Hulva P, Černá Bolfíková B, Hrazdilová K, Frgelecová L, Daněk O, Modrý D (2021). Identification of Tapeworm Species in Genetically Characterised Grey Wolves Recolonising Central Europe. Acta Parasitologica, 1-5.
- Ploi K, Curto M, Černá Bolfíková B, Loudová M, Hulva P, Seiter A, Fuhrmann M, Winter S, Meimberg H (2020). Evaluating the Impact of Wildlife Shelter Management on the Genetic Diversity of Erinaceus europaeus and E. roumanicus in Their Contact Zone. Animals, 9(10): 1452.
- Černá Bolfíková B, Evin A, Rozkošná Knitlová M, Loudová M, Sztencel-Jablonka A, Bogdanowicz W, Hulva P (2020). 3D Geometric Morphometrics Reveals Convergent Character Displacement in the Central European Contact Zone between Two Species of Hedgehogs (Genus Erinaceus). Animals, 10(10): 1803.
- Majerová K, Hönig V, Houda M, Papežík P, Fonville M, Sprong H, Rudenko N, Golovchenko M, Černá Bolfiková B, Hulva P, Růžek D, Hofmannová L, Votýpka J, Modrý D (2020). Hedgehogs, Squirrels, and Blackbirds as Sentinel Hosts for Active Surveillance of Borrelia miyamotoi and Borrelia burgdorferi Complex in Urban and Rural Environments. Microorganisms, 12(8): 1908.
- Čekovská K, Šanda R, Eliášová K, Kovačić M, Zogaris S, Pappalardo AM, Soukupová T, Vukić J (2020). Population Genetic Diversity of Two Marine Gobies (Gobiiformes: Gobiidae) from the North-Eastern Atlantic and the Mediterranean Sea. Journal of Marine Science and Engineering, 8(10), 792.
- Kubátová, A., Štochlová, K., Brandlová, K., Černá Bolfíková, B. (2020). Comparison of divergent breeding management strategies in two species of semi-captive eland in Senegal. Scientific Reports 10, 8841.
- Pipek, P., Pysek, P., Bacher, S., Černá Bolfíková, B., Hulme, P.E. (2020): Independent introductions of hedgehogs to the North and South Island of New Zealand. New Zealand Journal of Ecology, 4:3396.
- Neradilová, S., Connell, L., Hulva, P., Černá Bolfíková, B. (2019) Tracing genetic resurrection of pointing dog breeds: Cesky Fousek as both survivor and rescuer. PLoS ONE 14(8): e0221418.
- Szewczyk, M., Nowak, S., Niedzwiecka, N., Hulva, P., Spinkyte-Backaitiene, R., Demjanovicova, K., Černá Bolfíková, B., Antal, V., Fenchuk, V., Figura, M., Tomczak, P., Stachyra, P., Stepniak, K., Zwijacz-Kozica, T., Myslajek, R. (2019) Dynamic range expansion leads to establishment of a new, genetically distinct wolf population in Central Europe. Scientific Reports 9, 19003.
- Caniglia R, Fabbri E, Hulva P, Černá Bolfíková B, Jindřichová M, Vik Stronen A, Dykyy I, Camatta A, Carnier P, Randi E, Galaverni M. 2018. Wolf outside, dog inside? The genomic make-up of the Czechoslovakian Wolfdog. BMC Genomics, 19:533.
- Hulva P, Černá Bolfíková B, Woznicová V, Jindřichová M, Benešová M, Myslajek RW, Nowak S, Szewczyk M, Niedzwiecka N, Figura M, Hájková A, Sándor AD, Zyka V, Romportl D, Kutal M, Finďo V, Antal V. 2018. Wolves at the crossroad: fission-fusion range biogeography in the Western Carpathians and Central Europe. Diversity and Distributions, 24, 179-192.
- Montana, L., Caniglia, R., Galaverni, M., Fabbri, E., Ahmed, A., Černá Bolfíková, B., Czarnomska, S.D., Galov, A., Godinho, R., Hindrikson, M., Hulva, P., Jędrzejewska, B., Jelenčič, M., Kutal, M., Saarma, U., Skrbinšek, T., Randi, E. (2017). Combining phylogenetic and demographic inferences to assess the origin of the genetic diversity in an isolated wolf population. PloS one, 12(5), e0176560.
- Černá Bolfíková, B., Eliášová, K., Loudová, M., Kryštufek, B., Lymberakis, P., Sándor, A.D., Hulva, P. (2017) Glacial allopatry vs. postglacial parapatry and peripatry: the case of hedgehogs. PeerJ 5, e3163
- Starcová, M., Vohralík, V., Kryštufek, B., Černá Bolfíková, B., Hulva, P. (2016) Phylogeography of the Alpine shrew, Sorex alpinus (Soricidae, Mammalia). Folia Zoologica, 65, 107-116.
- Schneiderová, I., Zouhar, J., Štefanská, L., Černá Bolfíková, B., Lhota, S., Brandl, P. (2016) Vocal activity of lesser galagos (Galago spp.) at zoos. Zoo Biology, 35, 147-156.
- Smetanová, M., Černá Bolfíková, B., Randi, E., Caniglia, R., Fabbri, E., Galaverni, M., Kutal, M., Hulva, P. (2015) From Wolves to Dogs, and Back: Genetic Composition of the Czechoslovakian Wolfdog. PLoS ONE 10(12): e0143807. doi:10.1371/journal.pone.0143807
- Zemanová, H., Černá Bolfíková, B., Brandlová, K., Hejcmanová, P., Hulva, P. (2015) Conservation genetics of the Western Derby eland (Taurotragus derbianus derbianus) in Senegal: integration of pedigree and microsatellite data. Mammalian Biology, 80, 328-332.
- Černý, J., Černá Bolfíková, B., de A. Zanotto, P.M., Grubhoffer, L., Růžek, D. (2015) A deep phylogeny of viral and cellular right-hand polymerases. Infection, Genetics and Evolution, 36, 275-286.
- Bogdanowicz, W., Hulva, P., Černá Bolfíková, B., Bus, M.M., Rychlicka, E., Sztencel-Jablonka, A., Cistrone, L., Ruuso, D. (2015) Cryptic diversity of Italian bats and the role of the Adriatic-Mediterranean refugium in the phylogeography of the Western Palaearctic. Zoological Journal of the Linnean Society, 174, 635-648.
- Formanová, P., Černý, J., Černá Bolfíková, B., Valdés, J.J., Kozlova, I., Dzhioev, Y., Růžek, D. (2015) Full genome sequences and molecular characterization of tick-borne encephalitis virus strains isolated from human patients, Ticks and Tick-borne Diseases, 6, 38-46. (IF=2.7)
- Pfäffle, M., Černá Bolfíková, B., Petney, T., Hulva, P. (2014) Different parasite faunas in sympatric populations of sister hedgehog species in secondary contact zone. PLoS ONE 9(12): e114030. doi:10.1371/journal.pone.0114030
- Černý, J., Černá Bolfíková, B., Valdés, J. J., Grubhoffer, L., Růžek, D. (2014) Evolution of Tertiary Structure of Viral RNA Dependent Polymerases. PLoS ONE 9(5): e96070. doi:10.1371/journal.pone.0096070
- Randi, E., Hulva, P., Fabbri, E., Galaverni, M., Galov, A., Kusak, J., Bigi, D., Černá Bolfíková, B., Smetanová, M., Caniglia, R. (2014) Multilocus detection of wolf x dog hybridization in Italy, and guidelines for marker Selection. PLoS ONE 9(1): e86409. doi:10.1371/journal.pone.0086409
- Bolfíková, B., Konečný,A., Pfäffle, M., Skuballa, J., Hulva, P. (2013). Population biology of establishment in New Zealand hedgehogs inferred from genetic and historical data: conflict or compromise? Molecular Ecology, 22, 3709–3720, doi: 10.1111/mec.12331
- Bolfíková, B., Hulva, P. (2012). Microevolution of sympatry: Landscape genetics of hedgehogs Erinaceus europaeus and E. roumanicus in Central Europe. Heredity, 108, 248-255, doi:10.1038/hdy.2011.67
Cooperation
- Charles University in Prague, Faculty of Science
- Ostrava University, Faculty of Science
- University of Valencia
- Natural History Museum in Berlin
- Central European Wolf Consortium
- University of Edinbourgh
- Cornell University
- University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna
Contact
Team news
Křest knihy "Zvířata v éře lidí", do které přispěla vědkyně z FTZ Barbora Černá Bolfíková
Dne 8. října 2024 proběhl v Praze slavnostní křest nové knihy "Zvířata v éře lidí", která přináší sérii rozhovorů o fascinujících, dojemných i překvapivých příbězích ze života zvířat. Autorkou této publikace je Lenka Vrtišková Nejezchlebová, redaktorka Deníku N, která v knize představuje dvacítku rozhovorů s předními vědci a vědkyněmi. Českou zemědělskou univerzitu (ČZU) ve sbírce zastupuje Mgr. Barbora Černá Bolfíková, Ph.D. z Fakulty tropického zemědělství (FTZ), která se mimo jiné zabývá také výzkumem ježků.
Barbora Černá Bolfíková přispěla rozhovorem, který vychází z její práce o rezistenci bakterií u ježků, konkrétně o jejich schopnosti vytvářet odolnost vůči antibiotikům. Tento výzkum, který se stal součástí mezinárodní studie publikované v prestižním časopise Nature, odhaluje, jak některé rezistentní bakterie vznikají zcela přirozeně v bodlinách ježků, bez přímého zásahu člověka. Její rozhovor pro Deník N, který byl v knize využit, se mimo jiné zabývá otázkami, jak ježci přispívají k "závodům" mezi bakteriemi a antibiotiky, jak se mohou nakazit stafylokokem a jakým způsobem je ovlivňuje lidská činnost, například nadužívání antibiotik.
Kniha "Zvířata v éře lidí" se dotýká mnoha dalších témat o soužití zvířat s člověkem – od velryb a vlků až po komáry a potkany. Každý rozhovor odhaluje, jak lidská činnost stále více ovlivňuje svět zvířat. Publikace je doprovázena ilustracemi Martiny Fischmeister a vychází v knižní edici Deníku N.
Tato kniha nabízí nejen hlubší vhled do života zvířat, ale také příležitost zamyslet se nad vlivem lidské civilizace na faunu, a je proto cenným příspěvkem jak pro odborníky, tak pro širokou veřejnost. Příspěvek Barbory Černé Bolfíkové zdůrazňuje význam výzkumu zvířat v souvislosti s ekologickými a zdravotními výzvami, kterým dnes čelíme.
Autorka knihy, Lenka Vrtišková Nejezchlebová, má dlouholeté zkušenosti v oblasti žurnalistiky a vědecké komunikace. Získala Novinářskou cenu za nejlepší rozhovor a několikrát byla v nejužší nominaci. Její práce se zaměřuje na zpřístupnění vědy širšímu publiku.
Zajímá vás, jak žijí ježci a co z nich dělá klíčové protagonisty vědeckých studií? Neváhejte a přečtěte si rozhovor s Barborou Černou Bolfíkovou v nové knize!
Genetický monitoring vlka v rámci projektu TAČR Prostředí pro život (2024-2026)
Fakulta tropického zemědělství se zapojila do významného projektu TAČR – Prostředí pro život zaměřeného na genetický monitoring vlka obecného (Canis lupus) v letech 2024-2026. Tento projekt si klade za cíl zlepšit porozumění dynamice vlčí populace ve střední Evropě a zmírnit konflikty mezi vlky a lidskými komunitami.
Vlk obecný je vrcholným predátorem mnoha ekosystémů po celém světě. Jeho vnímání je však často kontroverzní. Na jedné straně je vlk vnímán jako vlajkový a deštníkový druh ochrany přírody, který pomáhá chránit celé ekosystémy. Na druhé straně může být vnímán negativně zejména v pastorálních komunitách, kde je obávaným predátorem hospodářských zvířat. Tato polarizace názorů zdůrazňuje potřebu řešení, která budou vyvážená a založená na vědeckých datech.
Cíle projektu
Hlavním cílem projektu je rozvíjení genetického monitoringu vlka, který poskytuje nenahraditelné informace při popisu rekolonizace střední Evropy vlky a pomáhá zmírňovat konflikty s lidmi. Genetický monitoring umožňuje přesnou identifikaci vlků, což je zásadní z několika důvodů:
- Ověření druhové příslušnosti: Fenotyp vlka může být zaměněn se psem, což ztěžuje individuální identifikaci. Genetické analýzy poskytují přesné informace o druhové příslušnosti.
- Hybridizace se psem: Monitorování genetických markerů umožňuje odhalit případnou hybridizaci mezi vlky a psy.
- Určování početnosti: Genetická data jsou klíčová pro odhad početnosti vlčí populace.
- Studium genealogie a životaschopnosti: Genetické informace jsou využívány pro analýzu rodokmenů a celkového zdraví populace.
- Prostorová ekologie: Pomocí genetických analýz lze studovat pohyb a územní nároky vlků.
- Forenzní analýzy: Genetika je nepostradatelná při analýze útoků na hospodářská zvířata a dalších forenzních případech.
„Harmonizace genetických markerů umožňuje přeshraniční srovnání dat, což je klíčové pro sledování vlčí populace v širším geografickém kontextu,“ vysvětlila Mgr. Barbora Černá Bolfíková, vedoucí katedry chovu zvířat a potravinářství v tropech. „Rutinizace, automatizace a zrychlení genetických postupů je nezbytné vzhledem k potřebám institucí ochrany přírody a aktuálnosti tématu“, doplnila. „K tomu je nutná hlubší spolupráce mezi institucemi primárního výzkumu, jako je Univerzita Karlova a Česká zemědělská univerzita v Praze, a aplikační sférou, kterou reprezentuje Agentura ochrany přírody a krajiny ČR.“
Naše role v projektu
Hlavním řešitelem projektu je Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy. Výzkumný tým MEGERA (Molecular Ecology, Genetics and Evolutionary Research of Animals), který vede Mgr. Barbora Černá Bolfíková, Ph.D, působící na FTZ, se podílí jako spoluřešitel a významně přispívá k výzkumné a analytické části projektu. Agentura ochrany přírody a krajiny ČR je aplikačním garantem, což zajišťuje, že získaná data budou přímo využitelná v praxi ochrany přírody.
Projekt TAČR – Prostředí pro život představuje důležitý krok vpřed v ochraně vlka obecného a řešení konfliktů s lidskými komunitami. Genetický monitoring vlka poskytuje nezbytné informace, které přispějí k udržitelnému managementu vlčí populace a ke zlepšení vztahů mezi vlky a lidmi.
Pro více informací a aktuální zprávy o projektu sledujte fakultní webové stránky a stránky Výzkumného týmu MEGERA.
Za úspěchem studie o luskounech stojí vědkyně z ČZU
O úspěchu českých vědkyň z České zemědělské univerzity v Praze jsme vás již s hrdostí informovali. Mgr. Barbora Černá Bolfíková, Ph.D., její doktorandka Ing. Iva Bernáthová z Fakulty tropického zemědělství a doktorandka Ing. Markéta Swiacká z Fakulty životního prostředí svým výzkumem dokázaly nejen přinést nedocenitelné informace a poznatky v ochraně a v nelegálním obchodu s luskouny, ale navíc jejich výsledky publikoval prestižní časopis Science.