Studium na Fakultě tropického zemědělství je rozděleno do tří stupňů. FTZ poskytuje ucelené univerzitní vzdělání bakalářského a magisterského stupně, dále organizuje doktorské studium a různé formy celoživotního vzdělávání (Univerzita třetího věku). Doktorský studijní program je možné studovat jak prezenční, tak kombinovanou formou. Ostatní programy pouze prezenčně.
Bakalářské studium trvá 3 roky a je zakončeno státní bakalářskou zkouškou, při které studenti skládají zkoušky a obhajují bakalářskou práci před komisí. Po úspěšném složení státní bakalářské zkoušky obdrží vysokoškolský diplom a akademický titul Bc. (Bakalář). Fakulta nabízí dva bakalářské programy v českém i anglickém jazyce.
Absolventi bakalářských stupňů studia z České zemědělské univerzity v Praze i z jiných českých či zahraničních univerzit mohou pokračovat v magisterském studiu v dvouletých magisterských programech vyučovaných pouze v anglickém jazyce. Studium je zakončeno státní závěrečnou zkouškou s obhajobou diplomové práce před mezinárodní komisí. Studenti získávají vysokoškolský diplom a akademický titul Ing. (Inženýr). Fakulta nabízí šest magisterských programů.
Doktorské studium následuje po ukončené magisterské části studia. Umožňuje vědeckou přípravu absolventům magisterského studia s výborným prospěchem. V rámci doktorského studia skládá student náročné odborné zkoušky, závěrečnou státní doktorskou zkoušku a obhajuje vědeckou disertační práci před komisí. Zároveň je nezbytnou podmínkou publikace v odborném vědeckém časopise s Impact Faktorem (IF). Získává doktorský vysokoškolský diplom a akademický titul Ph.D. (Doktor). Fakulta nabízí tři doktorské programy vyučované pouze v anglickém jazyce.
